Священномученик Миколай народився 1884 року в Новочеркаську в сім’ї канцелярського службовця.
У 1919 року в Анапі його висвятили в ієрея. Короткі дані про його служіння відомі з кримінальної справи, яку завели на отця Миколая в Ленінграді в 1930-х роках.
У ній ідеться, що «…в період перебування в Анапі барона Врангеля, священника Миколая Ковальова був обрали Міською думою до комісії з захисту населення від червоних».
У 1934 році священника заарештували в Ленінграді, куди він приїхав жити та звершував богослужіння вдома.
Отця Миколая безбожна влада засудила як «соціально небезпечний елемент» на висилку з Ленінграда.
З 1935 по 1937 рік він перебував у засланні в місті Атбасарі Північно-Казахстанської області. Там 22 листопада 1937 року його вдруге заарештували. Його звинуватили в «проведенні серед населення контрреволюційної агітації, що спрямовувалася на компрометацію заходів партії та уряду». На допиті священник Миколай винним себе не визнав.
28 листопада трійка при УНКВС у Північно-Казахстанській області засудила ієрея Миколая до найвищої міри покарання.
27 грудня 1937 року вирок щодо священномученика Миколая Ковальова було виконано, його розстріляли.
